Dalam penerapan program bahasa di Pesantren Pendidikan Islam Madani lebih mengedepankan prinsip dan kaidah pendidikan modern yang mengacu pada suri tauladan Nabi Muhammad SAW. Kata kunci dari metode ini adalah qudwah, motivasi, peringatan dan sanksi apabila diperlukan.
Program bahasa yang dimaksud adalah bahasa Arab dan Inggris. Program ini merupakan program unggulan, di mana kedua bahasa tersebut akan dijadikan bahasa wajib dalam komunikasi sehari-hari, baik untuk keperluan KBM maupun unit-unit kegiatan lainnya.
Materi dari program ini dimulai dari segala sesuatu yang sederhana, akrab dan dekat dengan santri, serta terpakai terus dalam kehidupan sehari-hari, sampai kepada materi yang bersifat aktual dan faktual, dalam lingkup yang mudah dimengerti dan difahami oleh santri.